Las perlas son el resultado de una estrategia de defensa que tienen determinados moluscos, tanto marinos como de agua dulce, ante la introducción accidental o intencionada de sustancias extrañas en su manto.
La estrategia que da lugar a las perlas naturales consiste en ir cubriendo el objeto extraño con sucesivas capas concéntricas de una sustancia que segrega el molusco, una mezcla de cristales de carbonato de calcio y una proteína llamada conchiolina, formando la sustancia conocida como nácar, que es la sustancia que forra la cavidad paleal del animal (las paredes interiores de las valvas).
El nacar está compuesto por tanto de carbono cálcico y conquiolina, una sustancia orgánica que es la que da a las perlas sus características especiales.

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